La Bahía de San Vicente de la Barquera se encuentra en el litoral del Parque Natural de Oyambre, interrumpido por la presencia de dos sistemas de estuarios: el propio de San Vicente de la Barquera con sus dos brazos de agua, la Marisma de Pombo y la Marisma de Rubín; y el de Oyambre, también con dos brazos de agua, la ría de Capitán y la de la Rabia.

En días claros, las vistas de la Bahía de San Vicente de la Barquera con los Picos de Europa al fondo impresionan por su belleza, especialmente cuando los Picos de Europa están nevados.

A pesar de que el turismo y los servicios son en la actualidad la principal actividad económica del municipio, el puerto pesquero de San Vicente de la Barquera fue el motor del desarrollo de la villa y todavía hoy continúa siendo uno de los más importantes de Cantabria.

Las rías de la Bahía de San Vicente de la Barquera, al igual que las de Oyambre, han ido formándose en los últimos 20.000 años mediante procesos geomorfológicos ligados al ascenso del nivel del mar y al proceso erosivo de los cuatro ríos.

El resultado ha sido la aparición de amplias extensiones de agua que penetran hacia el interior del territorio y que reciben un suministro de agua dulce de los ríos que las originaron. A su vez, las rías están sometidas a los ritmos mareales, quedando la superficie inundable prácticamente seca en los periodos de bajamar. Esta dinámica fluvial y mareal general unas características muy especiales en los estuarios, dando lugar a unas formas de vida diversa y complejas.

Tanto la Bahía de San Vicente de la Barquera y su estuario como el de Oyambre, desempeñan un papel crucial en la supervivencia de gran número de aves acuáticas europeas, ya que son utilizados como áreas de refugio y alimentación en sus migraciones hacia el sur de España y el continente africano.