Iglesia de Santa María del Puerto
Monumento Nacional, este templo de los siglos IV al X da cobijo a un crucero del xvi que pasa por ser la más bella obra del gótico clásico cántabro. También sorprenden otros elementos, como la puerta románica de la fachada
Fuertes de Santoña
Santoña sufrió muchos ataques, buena prueba de ello son los tres fuertes que aún conserva. El de San Martín guarda la casa de oficiales; el de San Carlos es de propiedad privada y el del Mazo o Napoleón, más reducido, posee una estructura amurallada rectangular.
Paseo Marítimo
Delimitado por la plaza de toros y la Virgen del Puerto, el paseo que bordea la playa de San Martín reúne dos monumentos. Uno dedicado a Juan de la Cosa, autor del primer mapamundi en 1500 y codescubridor de América junto a Colón; y otro, a Carrero Blanco, obra de Juan Ávalos.
Retablo de San Bartolomé
Colosal obra del siglo xvi situada en una capilla de la iglesia de Santa María del Puerto, encargada en Brujas a Pieter Claeissins. Formado por varias tablas que representan a santos en un paisaje típico flamenco. Junto a él destaca el retablo de San Pedro, de principios del XII.
Monasterio de Montehano
Saliendo de Santoña en dirección a Cicero, junto a la marisma, se encuentra el convento de San Sebastián de Montehano, del siglo xiv, donde está enterrada Bárbara de Blomberg, madre de Juan de Austria. Frente al convento, en el monte llano, se han encontrado ruinas de un castillo de XIII.
Palacio de los Chiloeches
Construcción barroca del siglo xvir con una bellísima :fachada. Sus múltiples usos —primero fue hospital militar, más tarde cárcel y también escuela—no han modificado, sin embargo, su peculiar esencia. En el casco urbano también destaca la esbelta casa-Palacio de Casteñeda.
Palacio del duque de Santoña
Juan Manuel Manzanedo, primer duque de Santoña, ordenó la construcción, en 1873, de un palacio acorde con su cargo: una obra neoclásica diseñada por el arquitecto Antonio Ruiz de Salces. Del mismo estilo es el Instituto Marqués de Manzanedo, con una destacada capilla-panteon.
Puerto pesquero
Dividido en dos muelles, el deportivo y el pesquero, un plan de remodelación lo está dejando como nuevo, y hace evidente la importancia de su industria conservera. Degustar anchoas y bonito en cualquiera de los merenderos de la villa es más que recomendable.