Como los concejos circundantes, debió de formarse en torno a un pequeño monasterio, el de San Jorge y San Juan, del que se conservan noticias escritas del siglo XI, fecha en la que se donó al Monasterio de Santa María del Puerto (Santoña). En aquella época se demostraba así la devoción. Sobre las ruinas de este templo se construyó la iglesia de San Juan (s. XVI), provista por el Abad de Nájera. La parroquia territorios de Laredo, por lo que los pleitos sobre jurisdicción eran continuos, acrecentados por su dependencia civil a Laredo desde que Alfonso VIII así lo dictara en el “Privilegio de Laredo” (1201). Esta situación cambió casi dos siglos más tarde: Enrique III “el doliente”, tuvo que mantener una guerra con Portugal que le endeudó tanto que se vio obligado a ceder Colindres, Limpias y Balmaseda a su Camarero Mayor por 15.000 florines. Los habitantes de estos lugares pagaron la mitad de la deuda para no integrarse en su señorío, por lo que el rey les premió concediéndoles Carta Foral en Segovia el 16 de junio de 1399, pasando a tener derecho de exención de impuestos como los territorios vizcaínos, aunque Colindres nunca formó parte de las Juntas de Balmaseda o de Guernica ni pagó tributo alguno. Este “limbo fiscal” que se disfrutó fue la causa de un pleito que duró 61 años y que culminó con la reforma administrativa de 1833. Trece años después Colindres empezó a pagar y dejó de tener tierras de pastos y posesión sobre todas sus tierras.
En la vida del municipio también tuvieron gran importancia los astilleros de Falgote (1475) que pasaron a ser Reales el 10 de abril de 1618 mediante un acuerdo entre Felipe III y las Cuatro Villas de la Costa del Mar de Cantabria. La situación geográfica del lugar lo protegía de las incursiones de piratas y corsarios ingleses, franceses, holandeses, etc. No hubo tanta suerte en agosto de 1639 cuando, en plena guerra contra Francia, la armada capitaneada por el cardenal de Burdeos –asginado por el propio cardenal Richelieu- desembarcó en Laredo y pasó luego a Colindres donde se dio muerte al sobrino del cardenal de Burdeos, aunque no se pudo evitar el fuego ni el saqueo hasta que el día 27 de dicho mes los franceses zarparon de madrugada. Ésta no fue la única contienda en la que participó Colindres; lo cierto es que debido a su situación geográfica, tomó parte en todas. Destaca su intervención en la toma de Laredo de febrero de 1814, durante la guerra de la Independencia contra las tropas napoleónicas, con el regimiento Monterrey, aportado junto con Laredo. Más tarde, en las guerras carlistas, su situación entre Santander y Bilbao también fue decisiva.
De los mencionados astilleros de Falgote salió “La Pinta” y es muy probable que también la “Santa María”. De aquí se llevaron al puerto de Palos, por lo que es bastante seguro que algún marinero colindrés acompañara a Colón en el descubrimiento de América. A este respecto se tiene constancia de un tal Ruy García, pero aún sin corroborar. Y fue aquí donde se hizo también la “Capitana” (1868), capitana en la guerra de Sucesión y la nave más grande de la época con más de 1300 toneladas, 500 más que el mayor navío jamás visto hasta entonces. Para construirlo se invirtieron tantas materias primas que algunos municipios quedaron agotados. Esto, unido a los ataques franceses, obligó al traslado de los astilleros a Guarnizo.
Colindres era, y es, un cruce de caminos no sólo entre tierra y mar, también es de paso obligado en el Camino de Santiago, razón por la que Carlos I en 1544 ordenó la construcción del hospital que se sostenía gracias al arrendamiento de 30 pies de naranjos. Esta entidad se acogía y curaba a los peregrinos que cruzaban por la “barca de Treto” o por el “Puente del Pelegrín”, en Colindres de Arriba.
En Colindres la vida diaria se organizaba entorno al mayorazgo, un sistema por el cual se dejaba la casa y las tierras sin partición alguna al primogénito. Éste debía dar cobijo a sus mayores, dote a sus hermanas y estudios o colocación (los segundos se dedicaban al sacerdocio, los terceros al ejército y los demás solían ir a las Indias). No podía vender los bienes familiares y podía ser destituido por “indignidad”, es decir: robos, crímenes o cobardía. Los hijos ilegítimos no estaban mal vistos ya que eran muy comunes debido a que los matrimonios eran concertados para reunir tierras. Estos niños se criaban junto a sus hermanos “legítimos” o junto a sus padres clérigos forzosos, y heredaban Hidalguía, condición que les daba ciertos privilegios y la estima de la Corona, decepcionada por la Nobleza. Cada Mayorazgo tenía su zona de enterramiento dentro del templo, donde se colocaban en las celebraciones religiosas. A principios del siglo XIX se prohíbe esta costumbre por constituir un foco de enfermedades, ya que el suelo no estaba ni enlosado ni entarimado y se sentaban directamente sobre él.
Entre estos mayorazgos destacan las luchas fraticidas entre los Agüero y los Velasco –los Giles y los Negretes–. A tal extremo llegaron, que los Reyes Católicos prohibieron la asistencia a bodas, bautizos y demás celebraciones (que acababan como el rosario de la aurora) a parientes más lejanos que los de 3º grado, y desmocharon las torres de sendas familias.
Quizá el mayorazgo que alcanzó más poder fue el de Alvarado, proveniente del valle de Aras, con el escudo grabado en el Palacio del Condestable o del Infantado. De esta familia desciende otro clan importante: el de los Castillo Alvarado.
Los Hoyo, familia muy ilustre procedente de las montañas de Santander, poseyeron numerosas propiedades. El apellido se perdió en 1602 al cruzarse con los Valle Rozadilla de Bárcena de Cicero.
Todas las familias tuvieron cargos e influencia en América como los Cachupines de Laredo, que llegaron a Colindres por enlace con la familia Hoyo. De esta casa se supone que proviene el apelativo peyorativo que se les daba a los españoles en las Indias: “gachupines”.
En esta época eran típicos los apellidos toponímicos, es decir, los que adoptaban el nombre del lugar de procedencia, así tenemos a los mayorazgos de: Puerta –perdido en las ramas maternas–, Mori, Serna, Rocillo y Gil de la Redonda. Éstos últimos emparentaron con los Bolívar, de origen vasco y asentados en el barrio de Hedino.
Por último, destaca el retiro a finales del siglo XVI de la “madama” flamenca Barbara de Blomberg, madre de Juan de Austria, bastardo del emperador Carlos I. En su juventud había sido una mujer libertina, por lo que al enviudar se trasladó a un convento castellano. A la muerte de su hijo Juan pidió venir a Colindres pues allí la vida le resultaba muy penosa. Aquí residió en la casa de Escobedo, ex–secretario de su difunto hijo, con su otro vástago Conrado de Píramo, su nuera la baronesa de San Martín y sus cuatro nietos hasta su muerte. Está enterrada en el monasterio de Montehano
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